Первый каменный храм после пожара 1632 года, был построен на средства царя Михаила Фёдоровича и освящён патриархом Иоасафом I в 1636 году. Ещё через 11 лет к нему был пристроен придел в честь казанских чудотворцев Гурия и Варсонофия.
На церемонии освящения присутствовал сам царь Алексей Михайлович.
Несмотря на миниатюрность, храм стал одной из важнейших церквей Москвы: его настоятель занимал одно из первых мест в ряду московского духовенства.
Храм часто перестраивался – в конце 1760-х годов, в 1802 году, и даже в советские времена 1925-30-х годах. Но в 1936 году его снесли. Перед этим, архитектором П.Д.Барановским, были сделаны обмеры храма, которые пригодились при его восстановлении в 1993 году (архитекторы О. И. Журин, Г. Я. Мокеев).